Наконец-то разобрался как сделать автоматическую смену словаря для проверки орфографии при смене метода ввода в Emacs!

;; when change input method to russian change dictionary to russian too
(add-hook 'input-method-activate-hook
	  (lambda () (ispell-change-dictionary "russian")))

;; when disable russian input method change dictionary back to english
(add-hook 'input-method-deactivate-hook
	  (lambda () (ispell-change-dictionary "english")))

#Emacs